下図のような画面が表示されますので「初期化」するか「残す（引継ぎ）」かを選択してください。

注意点として、ブックカスタマイズされているページにPDF差し替えによって
登録時と異なるリンク箇所やページが挟まりますと
ブックカスタマイズ情報を残してもリンク位置やページなどの情報が合致しないものかと思われます。
大幅な変更がある際は初期化して目次のCSV設定やリンクのCSV設定することをおすすめしております。