PDFで見た時には無かった余白が表示されます。

PDF内のページサイズは全て統一されたものでしょうか？
A4とA3など、サイズの異なるページが混ざっていると余白が表示されてしまいます。
ページサイズを統一してから再度コンテンツを作成くださいませ。

・ページサイズの確認方法
1．「Adobe Reader」でPDFを開きます。
2．メニューの「表示」を選択します。
3．「ページ表示」から「見開きページでスクロール」を選択します。
4．ページのサイズが異なっていないか確認します。
※「Adobe Acrobat」でもご確認いただけます。

・ページサイズの統一方法（一例）
下記サイトをご参考ください。
http://www.koikikukan.com/archives/2014/10/15-015555.php